組合の設立、代表理事の変更など法律に基づく登記の際の登録免許税や、組合と組合員の間で発行される受取書に対する印紙税が非課税になるなど、会社には適用されない税制上の優遇措置を受けることができます。
　また、企業組合は税制上、株式会社と同じく普通法人として取り扱われますが、出資総額が1億円以下の場合には、年間所得800万円以下の部分に ついては、協同組合と同様の軽減税（22%)が適用されます。
　

　企業組合の出資者である組合員には、株式会社と同様に有限責任制度が適用されます。これにより、組合員はそれぞれの出資額を限度としてしか組合の有する債務の弁済に対して責任を負いません。
　

　　株式会社の株主とは異なり、企業組合の組合員には出資額の多い少ないに関係なく、議決権・選挙権が平等に与えられますので、民主的な組織運営が確保されます。 また、組合員に　　は、事業への参加や利用に対しても平等の権利が与えられます。
　

　組合員は株式会社の株主に該当し、企業組合が雇用する従業員ではありませんが、組合員が組合事業に従事したことにより受け取る所得は事業所得ではなく、給与所得として取り扱われます。もちろん、配当(出資配当・従事分量配当）を受けることもできます。
　また、事業に従事する組合員に対する社会保険(健康保険・年金保険)制度、労働保険(雇用保険・労災保険)制度の適用については、原則として勤労者と同等の取り扱いを受けることができます。
　

　　企業組合は、株式会社などと同じく営利を追求できる組織です。利益は、NPOなどと異なり、組合員に配分することができます。 企業組合の出資配当は、他の協同組合組織が「年1割以内」であるのに対し、「年2割以内」となっており、より営利追求を行いやすいものとしています。また、株式会社 への組織変更も可能です。
　

　行政庁や中小企業団体中央会を通じて、各種助成事業など国の中小企業施策の支援を受けることができ るほか、指導・支援や情報提供を受けることができます。また、商工中金や日本政策金融公庫などの政府系金融機関や都道府県等からの融資を受けることができます。 特に、行政庁の認可を受けることが設立の要件とされていることから、社会的信頼性が高いことも大きなメリットといえます。